W systemie ochrony informacji niejawnych kluczowym elementem są procedury opracowane na podstawie ustawy o ochronie informacji niejawnych oraz współistniejących rozporządzeń. Z uwagi na specyfikę i powagę sektora ochrony informacji niejawnych istotnym jest, aby osoby funkcyjne posiadały odpowiednie kompetencje i wiedzę. Nie od dziś wiadomo, że najczęściej najsłabszym ogniwem jest człowiek i pojawiające się błędy wynikające z rutyny, z braku wiedzy czy pośpiechu. Bardzo ważnym elementem są szkolenia personelu i uświadamianie pracowników przetwarzających informacje niejawne o konieczności zapewnienia szczególnej ochrony dokumentom, które przetwarzają.
Konieczne jest zapewnienie odpowiednich zabezpieczeń fizycznych i technicznych, wydzielenie stref ochronnych, aby wszystkie procedury mogły funkcjonować w praktyce i zapewnić ochronę na najwyższym poziomie. Kluczowe jest, aby Pełnomocnik ds. ochrony informacji niejawnych na bieżąco monitorował przestrzeganie przepisów o ochronie informacji niejawnych i w razie potrzeby odpowiednio reagował na pojawiające się wyzwania.
